针灸师证是由多个机构发放的，其中包括卫生部、中医药管理局等，根据《中华人民共和国执业医师法》规定，从事中医针灸工作的人员必须取得相应的资格证书，目前，国内主要的针灸师证颁发机构有以下几个：

1、国家中医药管理局

国家中医药管理局是负责全国中医药事业管理和监督的部门，也是针灸师证书的主要颁发机构之一，该机构会定期组织考试，通过考试的人员可以获得针灸师资格证书。

2、卫生部

卫生部也是针灸师证书的主要颁发机构之一，该部门会与国家中医药管理局合作，共同组织考试和颁发证书。

3、各省市中医药管理部门

除了国家中医药管理局和卫生部外，各省市也有自己的中医药管理部门，这些部门也会颁发针灸师证书，北京市中医药管理局副局长王志勇就曾在接受采访时表示，北京市每年都会组织一次针灸师资格考试，并由该局颁发证书。

4、一些专业培训机构

除了以上几个主要的颁发机构外，还有一些专业的培训机构也会提供针灸师证书培训课程，并颁发相应的证书，这些机构通常会与相关机构合作，以确保学员能够获得权威的证书。

目前国内主要的针灸师证书颁发机构包括国家中医药管理局、卫生部、各省市中医药管理部门以及一些专业的培训机构，不同的机构可能有不同的认证标准和流程，但它们都是为了确保从事中医针灸工作的人员具备必要的专业知识和技能。