心理咨询师证书是由国家相关部门颁发的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的能力和资格，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是全国性的心理学专业组织，负责对心理咨询师进行培训、考核和认证，通过中国心理卫生协会组织的培训和考核，学员可以获得心理咨询师资格证书。

2、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和计划生育工作的部门，负责对心理咨询师进行监管和管理，国家卫生健康委员会下属的心理卫生中心会对心理咨询师的培训、考核和认证进行指导和监督。

3、各省市心理卫生协会：各省市心理卫生协会是地方政府主管心理卫生工作的部门，负责对本地区心理咨询师的培训、考核和认证，通过各省市心理卫生协会组织的培训和考核，学员可以获得心理咨询师资格证书。

4、高校和科研机构：部分高校和科研机构也会开展心理咨询师的培训和认证工作，这些机构通常会与国家相关部门合作，共同制定培训和考核标准，为学员提供心理咨询师证书。

5、国际心理咨询师认证机构：除了国内的心理咨询师证书外，还有一些国际性的心理咨询师认证机构，如美国心理学会（APA）、英国心理学会（BPS）等，也会对在华从事心理咨询工作的人员进行认证，通过这些国际认证机构的认证，学员可以获得相应的国际心理咨询师证书。

心理咨询师证书的发放涉及多个部门和机构，包括国家级、省级、市级以及高校和科研机构等，学员可以根据自己的需求和条件，选择合适的培训机构和认证途径，获得心理咨询师资格证书，持有不同部门和机构颁发的心理咨询师证书，对于从事心理咨询工作的人员来说，都具有一定的权威性和认可度。