1、国家卫生健康委员会：作为国家卫生行政部门，国家卫生健康委员会负责对中医针灸师证办理机构进行监管和管理，中医针灸师证办理机构需要在国家卫生健康委员会进行备案，以确保其合法合规运营。

2、省级卫生健康委员会：各省级卫生健康委员会是地方卫生行政部门，负责对本地区的中医针灸师证办理机构进行监管和管理，中医针灸师证办理机构需要在所在省级卫生健康委员会进行备案，以符合地方卫生行政部门的要求。

3、市级卫生健康委员会：市级卫生健康委员会是地方卫生行政部门的下属机构，负责对本地区的中医针灸师证办理机构进行监管和管理，中医针灸师证办理机构需要在所在市级卫生健康委员会进行备案，以满足地方卫生行政部门的管理要求。

4、行业协会：中医针灸师证办理机构还可以选择在相关行业协会进行备案，行业协会是行业自律组织，可以提供专业的指导和监督，帮助中医针灸师证办理机构提高服务质量和管理水平。

5、医疗机构：中医针灸师证办理机构通常与医疗机构合作，为患者提供针灸治疗服务，中医针灸师证办理机构还需要与合作的医疗机构进行备案，以确保医疗服务的合法性和安全性。

6、工商行政管理部门：中医针灸师证办理机构作为一家经营性机构，还需要在工商行政管理部门进行备案，工商行政管理部门负责对企业和机构的注册、登记和监管，中医针灸师证办理机构需要在工商行政管理部门进行备案，以符合相关法律法规的要求。

中医针灸师证办理机构需要在不同层级的卫生行政部门、行业协会、医疗机构和工商行政管理部门进行备案，以确保其合法合规运营，并为患者提供安全、有效的针灸治疗服务，这些备案程序和要求旨在保障中医针灸师证办理机构的服务质量和管理水平，维护患者的权益和健康安全。