目前认为，丙肝病毒的直接致病作用可参与急性丙型肝炎的肝脏损害过程，而机体免疫功能紊乱则可能是造成肝脏损害特别是慢性损害的重要原因。

丙肝病毒的直接致病作用：丙型肝炎患者血清中HCVRNA含量和丙肝病毒抗原(HCAg)的出现与血清ALT水平呈正相关；丙肝病毒的复制常伴有肝损伤；使用干扰素治疗后，随着HCVRNA含量的减少，其血清中ALT水平也逐渐降低。从急性丙型肝炎患者肝组织病理切片上观察到广泛的肝细胞嗜酸性变，但邻近区域却相对缺乏淋巴细胞，因而推测病毒本身具有杀细胞作用。

丙型肝炎的免疫发病机理：免疫因素尤其是细胞免疫异常可能是丙肝发病的重要作用。丙型肝炎特征性病理改变(肝脏汇管区淋巴样细胞聚集或形成滤泡)也提示免疫发病机理参与丙肝病毒。