按摩师医师证的办理流程一般如下：

1、填写申请表：首先需要填写一份完整的《按摩师医师申请表》，包括个人基本信息、专业背景、工作经历等内容。

2、提交材料：按照要求提交相关的证明文件和证件照片，如学历证书、学位证书、医师资格证书等，还需要提供近期免冠彩色照片4张，复印件3份。

3、初步审查：通过审核后，会接到相关部门的通知，然后进行进一步的面试或考核。

4、获得资质证书：根据考试结果，申请人将获得相应的医师资格证书。

需要注意的是，具体的操作流程可能会因地区和机构的不同而有所差异，建议您在办理前先向当地的医疗机构咨询详细信息，在申请过程中，也要确保所有的材料真实有效，以避免影响到您的医疗资质。