医学按摩师证和按摩医师资格证是两个不同的证书，它们在含义、作用、颁发机构等方面存在显著的差异。

两者的目的和性质不同，医学按摩师证主要针对的是医疗行业的从业人员，如医护人员、理疗师等，他们在进行按摩服务时需要具备一定的专业知识和技能，而按摩医师资格证则是在医疗行业工作的专业人士持有的证书，他们主要负责为病人提供专业的医疗护理服务。

两者的有效期也有所不同，医学按摩师证的有效期通常为3-5年，需要定期参加培训并通过考试才能保持有效，而按摩医师资格证的有效期一般为6-8年，申请人可以在任何时间申请变更或延期。

两者的颁发机构也不尽相同，医学按摩师证由国家卫生健康委员会颁发，适用于所有医疗机构的按摩服务人员，而按摩医师资格证则由中国卫生人才交流中心颁发，只适用于具有相关专业背景和能力的医务人员。

医学按摩师证和按摩医师资格证都是对医疗行业从业人员的专业能力的认可，但其适用范围、有效期和颁发机构等方面存在显著的差异，在选择证书的过程中，应根据自己的工作领域和个人需求来决定。