南京美术指导师证书是由江苏省教育厅颁发的，可以在南京市教育局或者江苏艺术职业学院官方网站上查询和申请，具体流程如下：

1、在线报名：需要在相关网站进行在线报名，填写个人信息，并提交相关材料。

2、现场审核：按照系统提示完成现场审核，审核通过后，领取证书。

3、培训学习：参加由学校或教育厅组织的专业培训课程，提高自己的专业技能。

需要注意的是，每个地区的具体步骤可能会有所不同，所以在申请前最好先咨询当地的教育部门或者考试机构，也要注意查看证书的有效期和使用规定，确保其合法性和有效性。