营养师资格证的颁发主要由国家卫生健康委员会（原卫生部）和国家人力资源和社会保障部（原劳动部）两个部门负责，这两个部门都是国家级的权威机构，其颁发的营养师资格证书具有很高的权威性和认可度，要判断哪个部门的营养师资格证最好，需要从以下几个方面进行综合考虑：

1、考试难度：国家卫生健康委员会的营养师资格考试相对较难，对考生的专业知识和实践能力要求较高，而国家人力资源和社会保障部的营养师资格考试相对较容易，通过率较高，如果你对自己的专业知识和实践能力非常有信心，可以选择国家卫生健康委员会的考试；反之，如果你希望尽快获得营养师资格证，可以选择国家人力资源和社会保障部的考试。

2、证书含金量：虽然两个部门的营养师资格证书都具有很高的权威性和认可度，但在实际工作中，国家卫生健康委员会的证书可能更受用人单位的青睐，因为国家卫生健康委员会的考试难度较大，对考生的专业素质要求较高，因此获得该部门证书的营养师在专业能力和素质上往往更具优势。

3、培训资源：在选择报考部门时，还需要考虑培训资源的问题，国家卫生健康委员会和国家人力资源和社会保障部都有专门的培训机构，提供系统的培训课程和辅导资料，这两个部门的培训资源各有特点，国家卫生健康委员会的培训课程更注重理论知识的深入和实践能力的提升，而国家人力资源和社会保障部的培训课程更注重考试技巧和应试能力的提高，在选择报考部门时，需要根据自己的需求和兴趣来选择合适的培训资源。

4、考试费用：国家卫生健康委员会和国家人力资源和社会保障部的营养师资格考试费用也有所不同，国家卫生健康委员会的考试费用较高，但考虑到其证书的含金量和培训资源的优质性，这一投资是值得的，而国家人力资源和社会保障部的考试费用较低，适合预算有限的考生。