心理咨询师证书是由国家相关部门颁发的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的能力和资格，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部是中国政府主管劳动就业、社会保障和人力资源开发管理的职能部门，该部门负责组织和管理全国范围内的心理咨询师资格考试，并对考试合格者颁发心理咨询师证书。

2、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学工作者的学术性社会团体，旨在推动心理学的发展和应用，中国心理学会负责组织心理咨询师的专业培训和继续教育，对参加培训并通过考核的学员颁发心理咨询师证书。

3、各省市人力资源和社会保障局：各省市人力资源和社会保障局是地方政府主管劳动就业、社会保障和人力资源开发管理的职能部门，这些部门负责组织和管理本地区的心理咨询师资格考试，并对考试合格者颁发心理咨询师证书。

4、各大高校和职业培训机构：部分高校和职业培训机构也提供心理咨询师的培训课程，对完成培训并通过考核的学员颁发心理咨询师证书，这些证书在业界具有一定的认可度，但与国家相关部门颁发的证书相比，其权威性和通用性可能较低。

需要注意的是，不同部门颁发的心理咨询师证书在含金量上可能存在一定差异，国家相关部门颁发的证书具有较高的权威性和通用性，而其他部门或机构颁发的证书则相对较低，在选择心理咨询师培训课程时，建议优先考虑国家相关部门或权威学术团体提供的培训项目。

心理咨询师证书的发放涉及多个部门和机构，其中以国家相关部门颁发的证书最具权威性和通用性，在选择心理咨询师培训课程时，应充分了解各个培训机构的资质和课程设置，确保自己能够获得具有较高含金量的心理咨询师证书。