针灸师资格证在医院的承认程度因国家和地区的法律法规、医院的管理制度以及针灸师的专业水平而有所不同，针灸师资格证是由国家卫生健康委员会颁发的，具有一定的权威性，在一些医院中，针灸师资格证的承认程度可能会受到一定的影响。

从法律法规的角度来看，中国政府对于中医药的发展给予了高度重视，针灸作为中医药的重要组成部分，也得到了相应的政策支持，在这个背景下，针灸师资格证的颁发具有一定的权威性，被广大患者所认可，具体的承认程度还需要根据医院的实际情况来判断。

从医院的管理制度来看，不同的医院对于针灸师的要求和认可程度也会有所不同，一些大型综合性医院，由于拥有较高的医疗水平和严格的管理制度，对于针灸师的选拔和培训会更加严格，因此更倾向于承认具有针灸师资格证的医生，而一些基层医疗机构，由于人员素质和技术水平参差不齐，可能对针灸师资格证的承认程度相对较低。

从针灸师的专业水平来看，针灸作为一种传统的治疗方法，其疗效在很大程度上取决于针灸师的技术水平，如果针灸师具备扎实的基本功和丰富的临床经验，那么他们在医院中的认可度会相对较高，相反，如果针灸师的技术水平不高，甚至存在违规行为，那么他们在医院中的认可度就会降低。

针灸师资格证在医院的承认程度因多种因素而异，患者在选择治疗机构时，可以通过了解医院的资质、医生的专业背景和实际治疗效果等信息来进行判断，患者还应该关注自身的身体状况，遵循医生的建议，选择适合自己的治疗方案。