健身房作为提供健身服务的商业场所，其经营行为应当遵循国家相关法律法规的规定，在健身房证不全的情况下是否可以收款，需要从以下几个方面进行分析：

1、营业执照：营业执照是企业合法经营的必备证件，对于健身房来说也是必不可少的，如果健身房没有取得营业执照，那么其经营行为就是违法的，消费者有权拒绝付款，政府部门也有权对此类违法行为进行查处。

2、卫生许可证：健身房作为公共场所，需要符合国家卫生标准，确保消费者的身体健康，健身房在开业前需要向卫生部门申请卫生许可证，如果健身房没有取得卫生许可证，那么其提供的健身环境可能存在安全隐患，消费者有权拒绝付款。

3、税务登记证：健身房作为企业，需要依法纳税，健身房在开业前需要向税务部门办理税务登记，如果健身房没有取得税务登记证，那么其经营行为可能存在逃税、漏税等问题，消费者有权拒绝付款。

4、教练资质：健身房的教练员需要具备一定的专业资质，才能为消费者提供专业的健身指导，如果健身房的教练员没有取得相关资质证书，那么其提供的健身指导可能存在质量问题，消费者有权拒绝付款。

5、合同及收据：健身房与消费者之间的权利义务关系应当通过签订合同来明确，健身房在收款时应当向消费者开具正规发票或者收据，以便消费者维权，如果健身房没有按照规定签订合同或者开具发票，那么消费者有权拒绝付款。

健身房在证不全的情况下，消费者有权拒绝付款，健身房作为经营者，应当依法办理相关手续，确保经营行为的合法性，消费者在选择健身房时，也应当注意查看健身房的相关证件，确保自己的权益不受侵害，政府部门应当加强对健身房的监管，对证不全的健身房进行查处，维护市场秩序和消费者权益。