心理咨询师证书是由国家相关部门发放的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的资格和能力，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学领域的最高学术机构，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过中国心理学会组织的心理咨询师资格考试，合格者可以获得心理咨询师证书。

2、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施心理健康政策，在国家卫生健康委员会的指导下，各级卫生行政部门也会参与心理咨询师证书的发放工作。

3、地方人力资源和社会保障局：地方人力资源和社会保障局是地方政府主管人力资源和社会保障工作的部门，负责组织和实施本地区的心理咨询师培训、考试和认证工作，通过地方人力资源和社会保障局组织的心理咨询师资格考试，合格者可以获得心理咨询师证书。

4、专业培训机构：除了上述政府部门外，还有一些专业的心理咨询师培训机构，如心理研究所、心理学院等，也会组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过这些专业培训机构的心理咨询师资格考试，合格者也可以获得心理咨询师证书。

需要注意的是，不同部门和机构发放的心理咨询师证书在权威性和认可度上可能会有所差异，在选择参加心理咨询师培训和考试时，建议选择具有较高权威性和认可度的部门和机构，以提高自己的职业竞争力。

心理咨询师证书的发放涉及多个部门和机构，包括中国心理学会、国家卫生健康委员会、地方人力资源和社会保障局以及专业培训机构等，通过这些部门和机构的心理咨询师资格考试，合格者可以获得心理咨询师证书，从而具备从事心理咨询工作的资格和能力。