按摩师证和医师证是两个完全不同的证件，按摩师证是由国家人力资源和社会保障部颁发的，主要用来证明按摩师具备相应的从业资格；而医师证则是由国家卫生计生委员会颁发的，主要用来证明医生具备专业的医学知识和技能。

按摩师证不能在诊所上班，而医师证则可以，不过，医师证需要在医疗机构或者社区卫生服务中心等有合法执业许可的地方才能使用，而在诊所内上班，则需要持有医疗机构执业许可证。

按摩师证和医师证都是从事相关工作的必备证件，但具体能否在诊所上班，还需要根据实际情况来判断，如果您对这方面有任何疑问，建议您直接咨询相关部门或机构。