高级农艺师证书的颁发机构通常是由农业部或相关政府部门颁发，具体的颁发机构可能会因地区而异，但大多数情况下，这些机构会隶属于国家级的农业管理部门，例如中国农业科学院、中国科学院大学等。

农业部是中国政府主管全国农业工作的国家机关，其下属的农业科技推广和服务局就是负责颁发高级农艺师证书的机构，这个部门可以对申请者进行资格审核，并在一定的程序和标准下决定是否授予高级农艺师证书。

除此之外，一些大型的专业培训学校或者农业合作社也可能有颁发高级农艺师证书的权利，他们通常会在学员通过学习和考核后，为其颁发相应的证书。

高级农艺师证书的颁发机构通常是农业部或其下属的农业科技推广和服务局，这个机构会对申请者的资格和条件进行严格的审查，并在符合要求的情况下给予认证。