厦门中医按摩师证书的申请流程如下：

第一步：选择合适的机构进行培训，您可以在正规的培训机构报名参加培训班，如厦门地区的“厦门市中医药职业技能鉴定指导中心”等。

第二步：提交相关资料，主要包括身份证、学历证明、健康证明等个人身份证明材料，以及近期免冠照片2张。

第三步：参加考试，考试分为理论知识考试和技能操作考核两部分，理论知识考试主要考察按摩师的专业理论知识；技能操作考核则包括手法技巧的练习和操作演示。

第四步：获得证书，考试合格后，将会颁发由国家人力资源和社会保障部统一印制的中医按摩师证书。