中医针灸师证是由国家卫生健康委员会颁发的，这是目前公认的权威部门，对于哪个部门的中医针灸师证好，这个问题并没有一个明确的答案，因为这涉及到多个方面的因素。

我们需要明确的是，中医针灸师证的颁发并不是随意的，而是需要经过严格的考核和评估，这个考核和评估的过程是由专业的机构进行的，这些机构通常由国家卫生健康委员会授权，具有权威性和公正性，从这个角度来看，任何一个由国家卫生健康委员会授权的机构颁发的中医针灸师证都是好的。

我们需要考虑的是，不同的机构在颁发中医针灸师证的过程中，可能会有不同的侧重点和标准，一些机构可能更注重理论知识的考核，而另一些机构可能更注重实践技能的考核，如果你是一个更注重实践技能的针灸师，那么你可能更倾向于选择那些更注重实践技能考核的机构颁发的中医针灸师证。

我们还需要考虑的是，不同的机构在颁发中医针灸师证的过程中，可能会有不同的服务质量和效率，一些机构可能在颁发证书的过程中提供更好的服务，如提供详细的考试指导、及时的考试通知等，而另一些机构可能在这方面做得不够好，如果你希望在获得中医针灸师证的过程中享受到更好的服务，那么你可能更倾向于选择那些服务质量和效率高的机构颁发的中医针灸师证。

我们还需要考虑的是，不同的机构在颁发中医针灸师证的过程中，可能会有不同的费用，一些机构的考试费用可能比较高，而另一些机构的考试费用可能比较低，如果你希望在获得中医针灸师证的过程中节省费用，那么你可能更倾向于选择那些考试费用低的机构颁发的中医针灸师证。

哪个部门的中医针灸师证好，这需要根据你自己的需求和期望来决定，你可以根据自己的实际情况，考虑上述的各种因素，然后做出最适合自己的选择。