中医针灸师证办理机构有很多，以下是一些常见的机构：

1、中国中医科学院针灸研究所：该研究所是国家中医药管理局直属的全国性中医药科研机构，也是全国最早的针灸专科医院之一，该研究所拥有一支高水平的针灸专业队伍，可以为学员提供全面的培训和实践机会。

2、北京中医药大学东方医院：该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中西医结合医院，也是北京市重点学科建设单位，该医院拥有一支高水平的针灸专业队伍，可以为学员提供全面的培训和实践机会。

3、上海中医药大学附属曙光医院：该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中西医结合医院，也是上海市重点学科建设单位，该医院拥有一支高水平的针灸专业队伍，可以为学员提供全面的培训和实践机会。

4、广州中医药大学第一附属医院：该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中西医结合医院，也是广州市重点学科建设单位，该医院拥有一支高水平的针灸专业队伍，可以为学员提供全面的培训和实践机会。

5、成都中医药大学附属医院：该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中西医结合医院，也是成都市重点学科建设单位，该医院拥有一支高水平的针灸专业队伍，可以为学员提供全面的培训和实践机会。

这些机构都是国内比较知名的中医针灸师证办理机构，如果您想要获得中医针灸师证书，可以考虑到这些机构进行咨询和报名，当然了，除了这些机构之外还有很多其他的机构也可以办理中医针灸师证书，您可以根据自己的实际情况选择适合自己的机构。