国家卫生健康委员会、国家中医药管理局、各省市卫生健康委员会等，哪个部门的发证好一点呢？这个问题需要从多个方面来考虑。

我们要了解各个部门的职能和权威性，国家卫生健康委员会是国家层面的卫生健康管理机构，负责全国卫生健康工作的领导和管理，国家中医药管理局是国家中医药工作的主管部门，负责中医药事业的规划、管理和监督，各省市卫生健康委员会则是地方层面的卫生健康管理机构，负责本行政区域内的卫生健康工作，从权威性来看，国家层面的部门更具权威性，而地方层面的部门则相对较弱。

我们要关注证书的认可度和通用性，在国家层面，国家卫生健康委员会和国家中医药管理局颁发的中医针灸理疗师证书具有很高的认可度和通用性，可以在全国范围内使用，而在地方层面，各省市卫生健康委员会颁发的中医针灸理疗师证书则具有一定的地域性，适用范围相对较小，从认可度和通用性来看，国家层面的部门颁发的证书更具优势。

我们要关注证书的培训质量和考核标准，国家卫生健康委员会和国家中医药管理局对中医针灸理疗师的培训和考核都有严格的标准和要求，培训质量较高，而地方层面的部门，由于资源和能力的限制，培训质量和考核标准可能相对较低，从培训质量和考核标准来看，国家层面的部门颁发的证书更具优势。

我们还要关注证书的更新和维护，中医针灸理疗师证书的有效期通常为5年，到期后需要进行更新，国家层面的部门对证书的更新和维护有严格的规定和管理，确保证书的有效性和权威性，而地方层面的部门，由于管理和资源的限制，证书的更新和维护可能存在一定的问题，从证书的更新和维护来看，国家层面的部门颁发的证书更具优势。

从权威性、认可度、通用性、培训质量、考核标准和证书更新维护等方面来看，国家卫生健康委员会和国家中医药管理局颁发的中医针灸理疗师证书相对更好，这并不意味着地方层面的部门颁发的证书就一定不好，具体还需要根据个人的实际情况和需求来选择，在选择发证部门时，可以参考以下几个方面：

1、根据自己的职业发展需求，选择具有较高权威性和通用性的发证部门，以便在全国范围内开展工作。

2、了解各个发证部门的培训质量和考核标准，选择培训质量和考核标准较高的部门，以确保自己具备扎实的专业技能。

3、关注证书的更新和维护，选择能够提供有效证书更新和维护服务的部门，以便在证书到期后顺利更新。

4、考虑地域因素，如果计划在某一地区长期发展，可以选择该地区卫生健康委员会颁发的证书，以便更好地融入当地市场。

选择中医针灸理疗师证书的发证部门，需要综合考虑多个方面的因素，以确保自己获得权威、通用、高质量的证书，为自己的职业发展奠定坚实的基础。