中医针灸师证是一种专业技能证书，主要证明持有人具备中医针灸治疗的基本技能和知识，中医针灸师证的办理机构主要包括以下几个单位：

1、国家中医药管理局：国家中医药管理局是中国政府主管中医药工作的部门，负责制定中医药发展规划、政策和法规，组织实施中医药科研项目，指导和监督中医药行业的管理工作，国家中医药管理局下设各级中医药管理部门，如省、市、县（区）中医药管理局等，这些部门也负责中医针灸师证的办理工作。

2、省级卫生健康委员会：省级卫生健康委员会是各省政府主管卫生健康工作的部门，负责制定本行政区域内的卫生健康发展规划、政策和法规，组织实施卫生健康科研项目，指导和监督卫生健康行业的管理工作，省级卫生健康委员会下设各级卫生健康管理部门，如市、县（区）卫生健康委员会等，这些部门也负责中医针灸师证的办理工作。

3、专业培训机构：除了政府部门，还有一些专业的中医针灸培训机构，如中医药大学、中医药职业学院等，这些机构也会提供中医针灸师证的培训和办理服务，学员在这些机构完成规定的课程学习，并通过考试，就可以获得中医针灸师证。

4、中医药行业协会：中医药行业协会是由中医药企事业单位、科研院所、高等院校等组成的非营利性社会团体，负责协调和维护会员的合法权益，推动中医药行业的发展，中医药行业协会会协助政府部门开展中医针灸师证的办理工作，为会员提供相关服务。

5、中医药企业：一些中医药企业也会参与中医针灸师证的办理工作，如中医药生产企业、中医药销售企业等，这些企业会与政府部门、专业培训机构等合作，为员工或合作伙伴提供中医针灸师证的培训和办理服务。

中医针灸师证的办理机构包括国家中医药管理局、省级卫生健康委员会、专业培训机构、中医药行业协会和中医药企业等，申请人可以根据自己的实际情况，选择合适的办理机构进行申请。