健身教练证的管理主要由国家体育总局和地方体育局负责，这两个机构是健身行业的主管部门，对健身教练的培训、考核、发证和管理工作进行统一规划和管理。

国家体育总局是全国体育工作的领导和管理机构，负责制定全国体育发展规划、政策和法规，对全国范围内的健身行业进行监管，在健身教练证的管理方面，国家体育总局主要负责制定健身教练员的培训大纲、考核标准和管理办法，对全国范围内的健身教练员培训和考核工作进行指导和监督。

地方体育局是各地区体育工作的管理和执行机构，负责本地区体育事业的发展和管理，在健身教练证的管理方面，地方体育局主要负责组织实施本地区的健身教练员培训、考核和发证工作，对本地区的健身教练员进行日常管理和监督。

为了规范健身教练员的培训和管理工作，国家体育总局和地方体育局还设立了专门的培训机构和考试中心，这些机构负责组织健身教练员的培训课程，提供专业的培训教材和教学设备，确保健身教练员具备专业的技能和素质，这些机构还负责组织健身教练员的考试工作，确保考试的公平、公正和公开。

在健身教练证的管理过程中，国家体育总局和地方体育局还与相关部门密切合作，共同维护健身行业的秩序，与工商部门合作，加强对健身俱乐部的监管，确保健身教练员在合法的场所从事健身指导工作；与卫生部门合作，加强对健身教练员的健康检查，确保健身教练员具备良好的身体素质；与教育部门合作，加强对健身教练员的教育培训，提高健身教练员的专业水平。